Довольно консервативная первобытная семейка Крудс живёт в пещере, на ночь запираемой огромным камнем. Всё их поселение было уничтожено землетрясением. Они верят в существование богов и еще слышали о существовании огня. Старшая дочь – неугомонный подросток, любящая любоваться солнцем, а младшая – сущий зверь, зубами вцепляющаяся во всё, что движется. Каждый день им приходится выходить на охоту. Как правило, их добычей становится яйцо страуса, разделенное на всех. Но однажды, семья знакомится с несколько продвинутым мальчишкой, показавшего дикарям огонь и спасшего их от неминуемой гибели.

Фильм является логическим продолжением первой части и начинается последних кадров предыдущего фильма, когда убивают президента и на его место становится негодник Зартан. Он отдаёт приказ: убить практически всех сотрудников и солдат отряда "Джи-Ай Джо". Происходит это во время отсутствия лучших бойцов. Им поручили липовое задание, чтоб отвлечь их внимание от страшной расправы с основной частью отряда. Бойцы G.I. Joe понимают, что все их сослуживцы убиты и теперь они жаждут мести. Им предстоит расправится с очередным злом, поселившимся на нашей планете. Главным героям противостоит преступная группировка «Кобра», оснащённая самым современным оружием и по численности – в десятки раз превосходящая их командный состав.