В морях стали пропадать японские корабли, причем остаются от них лишь странные оборванные радиограммы, которые сообщают о невероятных столбах огня, вырывающихся прямо из морских глубин… Вскоре причина этих ужасных аварий всплывает на поверхность. А вернее, выходит на собственных лапах из морских вод… Всему виной 50-метровый древний ящер, который пробудился из-за американских испытаний ядерного оружия…Разъярённый ящер выходит на землю, начиная уничтожать всё, что оказывается на его пути. Теперь смертельная опасность нависла не только над Японией, но и над всем миром.

Сюжет фильма вращается вокруг атомного взрыва, который произошёл в Японии несколько лет назад. На месте взрыва расположилась исследовательская лаборатория, занимающаяся изучением странного яйца, найденного после атомной катастрофы. Как оказалось - это доисторический монстр, который вот-вот вылупится и будет готов к спариванию, однако для этого ему нужно будет отыскать партнёра. Второе подобное яйцо хранилось в США, однако его содержимое уже разгуливает просторами нашей планеты. И вот наступил судный день, когда пара доисторических гигантов, круша всё на своём пути, направляется на встречу друг к другу. Чтоб наладить природное равновесие и устранить этих существ из океанских глубин подымается Годзилла...