У берегов острова Гуам при невыясненных обстоятельствах потерпела крушение американская подводная лодка. Адмирал Татибана убежден, что катастрофа произошла по вине Годзиллы, короля всех монстров, и что спустя почти полвека после первого нападения на Токио Годзилла возвращается, чтобы уничтожить Японию.

Чтобы подтвердить или опровергнуть утверждение адмирала, его дочь Юрико, репортер популярной телепрограммы, пытается выяснить, что скрывается за тремя совершенно различными происшествиями, которые случились в трех разных районах страны.

Она знакомится с таинственным стариком Исаямой, и он рассказывает Юрико о трех монстрах, контролирующих небеса (Королевская Гибра), морские просторы (Мотра) и земное пространство (Барагон). Только им под силу справиться с разгневанной Годзиллой…

Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, — абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь.

Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра — от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и с Меха-Годзиллой…

Много лет назад люди были изгнаны с родной планеты ордами ужасных чудовищ и бежали, спасая остатки человечества, на космических кораблях в надежде найти новый дом. А когда надежда окончательно растаяла, и немногие выжившие решили вернуться и сражаться за Землю, они потерпели сокрушительное поражение от нынешнего правителя планеты — Годзиллы. Но вскоре выяснится, что выжили не только сбежавшие в космос. Некоторые люди приспособились к новым условиям и даже создали нетехногенную цивилизацию. Двум группам таких разных теперь людей придется объединить усилия, чтобы противостоять общему врагу.

К концу 20-го столетия японцам удалось создать электронную систему слежения за Годзиллой, что не спасало от нашествия монстра, зато, по крайней мере, давало людям возможность знать, куда в очередной раз направляется «верзилла».

Однажды в результате нападения Годзиллы не только был разрушен целый город, но и своим огненным дыханием монстр расколол скалу, возраст которой насчитывал не один десяток миллионов лет.

Расколовшаяся скала высвободила летающую тарелку, которая спустя некоторое время трансформировалась в гигантское чудовище инопланетного происхождения. Наступил день, когда в решающей битве сошлись Годзилла и Орга…

В последние дни Второй мировой камикадзе Коити Сикисима посадил самолёт на острове Одо, где располагалась ремонтная база императорской армии Японии. В тот же вечер на них напал непонятно откуда взявшийся огромный ящер Годзилла — именно так называли его местные.

Коити возвращается в разрушенный бомбардировками Токио (родители погибли, от дома остались одни обломки) и пытается жить дальше. К нему прибивается тоже потерявшая семью девушка с младенцем, которого она спасла во время воздушного налёта. Время идёт, жизнь налаживается, Коити работает в команде по обезвреживанию мин в Токийском заливе, и однажды их хлипкий деревянный катер сталкивается с Годзиллой, который после ядерных испытаний на атолле Бикини стал ещё больше и ещё свирепее.

К 1999 году все гигантские земные монстры, в том числе и Годзилла, оказались пойманы и отправлены на небольшой японский остров для изучения. Однако группа инопланетян сумела подчинить себе чудовищ, освободить их и вновь направить против человечества. Команде астронавтов поручено в срочном порядке найти и ликвидировать базу злобных пришельцев, пока контролируемые ими монстры не сравняли с землёй все города планеты.

В последнее лето 20-го столетия люди узнали о том, что планета им больше не принадлежит. Гигантские чудовища — кайдзю — выбрались из земных недр, после чего начали уничтожать человеческие города и друг друга. Самым страшным из кайдзю был Годзилла. Непобедимый ящер с радиоактивным дыханием.

Человечество решает оставить Землю, и отправиться на поиски нового дома. Через 20 лет космического путешествия становится очевидно — вероятность найти пригодную для жизни планету ничтожно мала. Харуто было 4 года, когда он попал на корабль переселенцев, и теперь парень считает, что человечество позорно сдалось — нужно было всеми силами отстаивать Землю и сражаться с Годзиллой. Его идеи становятся популярны, и принято решение вернуться. Из-за использования технологии гиперскачка в пространстве переселенцы возвращаются на Землю через 20,000 лет после собственного бегства. От цивилизации не осталось и следа, миром правят чудовища, а на вершине пищевой цепочки восседает враг человечества — Годзилла.

Совместными усилиями две цивилизации людей всё-таки одолели самого большого Годзиллу, но он не умер, а погрузился в глубокий сон. В рядах выживших нарастает отчаяние, что гигантский ящер никогда не будет побеждён. Этим решает воспользоваться Мемфис и убеждает людей провести обряд поклонения некоему могущественному Богу, который может одолеть Годзиллу.

21-й век стал последним в жизни многих крупнейших городов мира. Добрый десяток всяческих гигантских монстров на куски разнес Париж и Сидней, Нью-Йорк и Шанхай.

Организация Объединенных Наций срочно собирается для обсуждения главного вопроса: как уцелеть в этой жуткой схватке с чудовищами… И тут совершенно неожиданно к Земле приближается огромный летающий объект, представители которого сообщают, что нашей планете осталось существовать вполне определенный и очень короткий срок.

Потому что из глубин космоса к Земле летит комета, после столкновения с которой наступит натуральный конец света… А между тем во льдах Антарктиды спит мирным сном Годзилла…