У берегов острова Гуам при невыясненных обстоятельствах потерпела крушение американская подводная лодка. Адмирал Татибана убежден, что катастрофа произошла по вине Годзиллы, короля всех монстров, и что спустя почти полвека после первого нападения на Токио Годзилла возвращается, чтобы уничтожить Японию.

Чтобы подтвердить или опровергнуть утверждение адмирала, его дочь Юрико, репортер популярной телепрограммы, пытается выяснить, что скрывается за тремя совершенно различными происшествиями, которые случились в трех разных районах страны.

Она знакомится с таинственным стариком Исаямой, и он рассказывает Юрико о трех монстрах, контролирующих небеса (Королевская Гибра), морские просторы (Мотра) и земное пространство (Барагон). Только им под силу справиться с разгневанной Годзиллой…

Чтобы сражаться с Годзиллой, японские ученые сконструировали два новых вида оружия — высокотехнологичный корабль Грифон и устройство «Приливная волна». Испытание «Приливной волны» совпадает по времени с появлением Мегануронов — стрекозообразных существ, которые питаются энергией человека.

Королева Мегагирус, повелительница Мегануронов, монстр высотой метров в 60, готовится напасть на Годзиллу, чтобы поглотить ее энергию. Люди здесь, может показаться, совсем ни при чем, однако от исхода битвы двух супергигантов зависит судьба человечества…

Судьба любит смельчаков, а Нил Армстронг однозначно принадлежит к их числу. Весь мир знает его имя, но мало кому известно, какой ценой астронавту дался маленький шаг, ставший огромным скачком для всего человечества.

Дайсукэ Югэ работает гидом в Оаху на Гаваях и изучает астрономию. Однажды в кафе он встречает Руи Фудзисиму и моментально влюбляется в неё. Парень ещё не знает, что у Руи непростая судьба — после несчастного случая девушка страдает провалами в памяти.

К концу 20-го столетия японцам удалось создать электронную систему слежения за Годзиллой, что не спасало от нашествия монстра, зато, по крайней мере, давало людям возможность знать, куда в очередной раз направляется «верзилла».

Однажды в результате нападения Годзиллы не только был разрушен целый город, но и своим огненным дыханием монстр расколол скалу, возраст которой насчитывал не один десяток миллионов лет.

Расколовшаяся скала высвободила летающую тарелку, которая спустя некоторое время трансформировалась в гигантское чудовище инопланетного происхождения. Наступил день, когда в решающей битве сошлись Годзилла и Орга…

Двух, казалось бы, несвязанных между собой людей находят умершими от отравления сероводородом. Приглашённый эксперт, профессор геологии Сюнсукэ Аои, считает, что это несчастные случаи, вероятность повторения которых ничтожно мала. Полицейский детектив из Токио находит связь между погибшими, и никак не может понять способ совершения убийств, если они всё-таки имели место, когда профессор сталкивается со старшеклассницей Мадокой. Девушка обладает невероятными способностями, и ей приходится скрываться от правительственных агентов.

В Японию 90-х годов 20 века прибывают люди из далёкого будущего и заявляют, что если Годзилла не будет уничтожен, то вскоре он станет причиной глобальной ядерной катастрофы. Для устранения такой угрозы они предлагают вернуться в прошлое и ликвидировать Годзиллу до его мутации в непобедимого динозавра. Однако вскоре появляется новая проблема — в лице трёхголового дракона Кинга Гидоры.

После целого года подготовки к экзаменам Юкина Торияма поступает в университет. Её потрясает атмосфера в учебном заведении, а тут ещё и старшекурсник по имени Кэи, кажется, положил глаз на девушку. С его подачи Юкина вступает в клуб «Полёт человека», цель которого — победа в конкурсе полетов. Юкина надеется, что её парой будет Кэи, однако напарником девушки становится малоприятный Сакаба.

Девушка, умирая, говорит своему парню, что где-то на Хоккайдо живет девушка, как две капли воды похожая на нее. После ее ухода парню не стоит страдать, а лучше найти кармическую близняшку покойницы и обрести долгожданное счастье.

11-летняя Томо живет с непутевой матерью. Та содержит дом в беспорядке, ведет беспутную жизнь и однажды исчезает. Томо приезжает к дяде Макио. У Макио есть девушка Ринко, которая родилась мужчиной и сейчас работает в доме престарелых. Томо удивлена и сбита с толку, ведь Ринко относится к ней ласковее и теплее, чем родная мать.