После событий в Вол-сити, главный герой, Рюга Догай в сопровождении макай жрицы Риан направляется в Лайн-сити для того, что "отчистить" свои доспехи. Они встречают легендарную макай-жрицу Рюме, которая просит их вернуть украденную реликвию.

Добро пожаловать в процветающий город Рассел. Кажется, жизнь здесь протекает размеренно и благополучно, пока внезапно не начинают происходить загадочные и необъяснимые происшествия. Эти события ставят весь город на уши.Парень по имени Сворд становится одним из тех, кто узнаёт о скрытой угрозе, и решает бросить все свои силы на её устранение. Но единственная его подсказка — это слово «Эльдорадо». Вскоре героя настигает ещё одна беда — исчезает его сестра.Гуляя по ночному городу в раздумьях, Сворд встречает девушку Софи, чей брат бесследно пропал, оставив ей лишь одно послание с теми же словами. Сворд решает объединить свои усилия вместе с Софией, чтобы разузнать тайну этих загадочных слов.

Далёкое будущее. В этом мире существует новая форма жизни — драгоценные камни. 28 из них должны сражаться с лунными людьми за свою жизнь, так как они хотят захватить их и превратить в украшения. У каждого камня есть своя роль.Однако самая юная из них ещё не имеет её, но уже хочет помочь. Но всё изменилось, когда девушке поручили отредактировать книгу истории самоцветов.

Конец 60-х годов XX века. Япония, оправившись от последствий Второй мировой войны, переживает бурный экономический рост. В то же время неизвестные враждебные силы, известные как Захватчики, начали проводить по всему миру ряд нападений на различные объекты. Для борьбы с ними была создана специальная секретная международная организация — A.E.G.I.S. (Alien Extermination Global Intercept System — Глобальная Система Обнаружения и Уничтожения Пришельцев).

Бороться с врагами при помощи обычного оружия было фактически невозможно и для защиты Земли A.E.G.I.S. стала набирать людей обладающих особыми способностями, так называемых Хранителей Врат.

В будущем ледники Марса были растоплены — и красная планета стала синей, покрытой морями. Но после окончания войны в Солнечной Системе в экономике Марса начались трудности. Росла безработица, а в довершение бед пиратское «Судно Рассвета» то и дело нападало на подводные города и грабило склады, поэтому с Земли был отправлен специальный отряд пилотов для поимки преступников.

После великой войны люди покинули родную планету и переселились в иной, совершенный «небесный мир». Вскоре он рухнул, а провидцы открыли, что человечество должно вернуться домой и пережить заново 10 тысяч лет истории — только тогда оно заслужит прощение и вернет дорогу к звездам. На Земле «возвращенцы» нашли лишь один уголок, пригодный для жизни (Японию), населенный немногими оставшимися аборигенами. Не желая тесниться, «продвинутые» создали параллельное измерение и начали грандиозный проект воссоздания мировой истории. Увы, на уровне XVII века Новой эры кто-то совершил ошибку, карманный мир схлопнулся, а его обитатели оказались на старой доброй Земле.

В мае 1945 года, когда советские войска штурмовали Рейхстаг, нацисты из ордена Лонгина провели над тонущим в крови городом дьявольский ритуал, призванный приблизить конец света. Испытать силу этого ритуала предстоит много лет спустя простым японским школьникам, вовлечённым в бой за будущее человечества.

История о двух совершенно разных людях, волею судьбы оказавшихся связанными друг с другом. Ичиро Инуяшики - 58-летний бизнесмен, но из-за напряжённой жизни и кучи потраченных нервных клеток, он выглядит гораздо старше. Но рак - болезнь без возраста, она не щадит никого. Поэтому, когда Ичиро узнал, что болен, он впал в депрессию. Уже перестав бороться, он решил доживать остаток своих дней, но внезапно оказался свидетелем крушения НЛО, и это событие внезапно подарило ему новую жизнь. Ичиро переродился в механическом теле и получил сверхспособности. После этого чуда, Ичиро решил посвятить свою жизнь помощи людям. Есть и другой человек, полная противоположность Ичиро. Зовут его Хиро Шишигами. Он молод и полон сил, учится в старшей школе. Без ума любит свою маму и лучшего друга, но к остальным людям не испытывает совершенно никакого сочувствия. Как и Ичиро, Хиро видит НЛО и тоже получает механическое тело. Но, в отличие от бизнесмена, школьник решает потратить свои способности на преступления, видя боль других людей, он чувствует себя живым. Что же победит: добро или зло?

Главный герой Нобуаки Каназава - новичок в школе. С предыдущими одноклассниками у него возникли сложности, поэтому теперь он не спешит заводить близкие отношения. Но тяга к общению берёт своё, и Каназава решается познакомиться с ребятами. И в тот же самый день всем одноклассникам приходит на телефон одно и то же сообщение от незнакомца по имени "Король”. Никто не обращает внимания, кроме Нобуаки, ведь эта игра уже знакома ему, игра с самой смертью. Но у каждой игры есть свои правила, и эта - не исключение. Весь класс обязан принимать в ней участие, выполнять приказы "Короля” необходимо в течение суток, ослушавшихся ждёт наказание, бросать игру на полпути тоже строго запрещается. Какие же задания будут поступать ребятам, и как они будут с ними справляться? Все ли дойдут до конца, и какими будут наказания? Узнать можно, лишь начав игру!

Ещё ребёнком Аста был оставлен у порога церкви. Там он вырос и познакомился с Юно, другим брошенным мальчиком. В детстве они пообещали друг другу, что один из них станет «Королём магов». Однако, чем старше они становились, тем больше различий между ними появлялось. Юно был гением магии, а Аста тренировал свое тело лишь физически. Когда им исполнилось по 15 лет, пришло время получать гримуары. Юно стал обладателем книги с четырёхлистным клевером (большинство людей получают книги с трёхлистным клевером), в то время как Аста не получил ничего. Однако, когда Юно угрожала опасность, Аста раскрыл свою истинную силу. В итоге парень стал обладателем гримуара с пятилистным клевером под названием «Чёрный клевер»! Теперь два друга путешествуют по миру, чтобы достичь одну и ту же цель.