Фильм является логическим продолжением первой части и начинается последних кадров предыдущего фильма, когда убивают президента и на его место становится негодник Зартан. Он отдаёт приказ: убить практически всех сотрудников и солдат отряда "Джи-Ай Джо". Происходит это во время отсутствия лучших бойцов. Им поручили липовое задание, чтоб отвлечь их внимание от страшной расправы с основной частью отряда. Бойцы G.I. Joe понимают, что все их сослуживцы убиты и теперь они жаждут мести. Им предстоит расправится с очередным злом, поселившимся на нашей планете. Главным героям противостоит преступная группировка «Кобра», оснащённая самым современным оружием и по численности – в десятки раз превосходящая их командный состав.